相関係数
Rで相関係数を求めるにはcor.test()を使用します。
ここでは例としてHbA1cとLDL-Cの相関係数を求めます。
今回使用するcsvファイルはこちらから
cor.test(df$HbA1c, df$LDL.C, method="spearman")
rhoが相関係数です。
相関係数 -1、p値<0.05でHbA1cとLDL-Cに負の相関が有意に認められました。
ここからは相関係数を表した図を作成します。
libraryの”ggsci”と”tidyverse”を使用します。
packageやlibraryの使い方については、こちらを参考にしてください。
library(ggsci)
library(tidyverse)
plt <- ggplot(df, aes(x=HbA1c, y=LDL.C))
plt <- plt + geom_point()
plt <- plt + geom_smooth(method = "lm", se=FALSE)+theme_bw()+xlim(4,9)+ylim(20,200)+
labs(x="HbA1c (%)", y="LDL-C (mg/dL)")上記コードではggplotで図を作成しています。
x軸をHbA1c, y軸をLDL-Cとしています。
xlim, ylimで表示する範囲を指定できます。
labsで表示する軸のタイトルを変更できます。
xlim, ylim と coord_cartesian の違いについてはこちらが良記事です。
わからなければ練習用データを使用し、下記コードをコピペして実行してみてから、自分が使いたいデータに当てはめることをお勧めします。
cor.test(df$HbA1c, df$LDL.C, method="spearman")
library(ggsci)
library(tidyverse)
plt <- ggplot(df, aes(x=HbA1c, y=LDL.C))
plt <- plt + geom_point()
plt <- plt + geom_smooth(method = "lm", se=FALSE)+theme_bw()+xlim(4,9)+ylim(20,200)+
labs(x="HbA1c (%)", y="LDL-C (mg/dL)")